实验室高度重视研究人员的个性发挥，鼓励创新研究。实验室以牦牛、羊、鱼等以及一些珍稀动物为研究对象，紧密结合生产实际，开展基础或应用研究。部分研究方向如下：

1、肉质性状遗传的分子机制：研究牦牛、羊肉质的优质性状及其遗传的分子基础。已经开展的研究包括牦牛、高原冷水鱼、山羊、家兔肉质性状的功能基因研究等。

2、动物基因组和蛋白质组：分析和验证动物重要功能基因；解析蛋白质功能。

3、畜禽及珍稀动物遗传资源：从蛋白质、DNA、RNA水平上，研究青藏高原特有动物生物多样性，畜禽低氧适应的分子机制等，为遗传资源的保存与利用提供科学的依据。

4、泌乳生物化学：研究牦牛、大熊猫等动物乳的生化组成特性、母－婴互作的生化基础，为乳的利用、泌乳性能的提高、新生幼仔的人工哺育提供依据。

5、动物生殖分子生物学：研究雄性动物生殖特性的分子基础；探索控制生殖的药物靶点。